溴酚蓝在酸性水溶液中以磺化羟基醌的形式存在，又称四溴酚磺酞。溴酚蓝是一种pH指示剂，并且是一种强蓝色染料。它具有轻微的负电荷并且可沿与DNA相同的方向迁移，允许用户对分子在凝胶中移动的进程进行监测。不同的凝胶组成具有不同的迁移速率。

在 DNA、RNA（琼脂糖）和蛋白质（聚丙烯酰胺）凝胶电泳中，溴酚蓝用作示踪染料。它已用于为蛋白质印迹分析制备蛋白质样品。溴酚蓝在琼脂糖凝胶中以与300-500 bp DNA大致相同的速率迁移，在蛋白聚丙烯酰胺凝胶中位于缓冲前沿。此外，它还是为人熟知的重要血脑屏障检测染色剂。